A su regreso a Konoha, Naruto se enteró de que Jiraiya había muerto en su batalla contra el líder de Akatsuki, Pain. Naruto culpó a Tsunade de haberlo mandado directo a su muerte y pasó el resto del día de luto por la pérdida de su maestro, meditando sobre el hecho de que él hubiera querido que Jiraiya estuviera allí cuando se convirtiera en Hokage. Después de ser consolado por Iruka, de ver a Kurenai embarazada y escuchar los planes deShikamaru para con el bebé, Naruto recuperó los ánimos y ayudó a descifrar el mensaje que dejó Jiraiya en la espalda de Fukasaku. Cuando el código se descifró, Naruto decidió ir a entrenar con los sapos para aprender el Senjutsu, sabiendo que Pain iba a venir por él.