Para aprender el Senjutsu, Naruto tuvo que entrenar su armonía con la naturaleza, un proceso que se aceleró con una cantidad limitada de clones de sombra. Finalmente Naruto fue capaz de alcanzar un perfecto Modo Sabio, algo que el mismo Jiraiya no fue capaz de hacer. Debido a que el proceso de armonización con la naturaleza no se podía realizar en medio de una batalla, Fukasaku trató de fusionarse con Naruto para poder reunir la energía natural mientras Naruto batallaba, sin embargo, el Kyubi rechazó todos los intentos del sapo, obligando a Naruto a buscar otra alternativa. Entonces Naruto decidió utilizar sus clones para que se encargaran de reunir la energía natural mientras él batallara. Tras recibir la noticia del ataque de Pain en Konoha, no tardaron en llegar, y empezó la batalla